자연과학대학은 자연과학을 전공하는 사람들이 속해있는 단과대이다. 보통 줄여서 자연대라고 부른다. 영실관을 주 무대로 하며, 경우에 따라서는 충무관이나 다산관, 특히 수학통계학부의 경우 광개토관을 쓰기도 한다. 2014년 이전에는 물리학과, 수학통계학부, 천문우주학과, 화학과, 환경에너지융합학과의 5개 학부/학과가 존재했으나, 물리학과와 천문우주학과가 합과하여 물리천문학과가 되었고, 환경에너지융합학과는 환경에너지공간융합학과로 이름이 바뀌어 공과대학으로 이동함으로써 2016년 현재는 아래와 같이 3개의 학부/학과만이 존재하고 있다.

• 물리천문학과
• 수학통계학부
• 화학과